Le microbiote représente l’ensemble des micro-organismes d’un environnement spécifique. Notre corps comporte autant de cellules humaines que de bactéries. Notre microbiote possède un rôle à part entière dans notre physiologie et le maintien de la santé.

Le microbiote digestif, le plus étudié, représente 30 % du microbiote humain. Il joue un rôle majeur dans la nutrition en participant à la digestion grâce aux enzymes bactériennes, participe à la fermentation intestinale ou encore à la synthèse de vitamines. Il joue également un rôle dans l’immunité par la stimulation du système immunitaire.

Le microbiote uro-génital, représentant 10 % du microbiote humain, offre quant à lui une protection contre les agents pathogènes. En effet, une dysbiose (déséquilibre du microbiote conduisant à des conséquences néfastes pour la santé de l’hôte) génitale peut être associée à une mycose vaginale, une infection urinaire ou certaines infections sexuellement transmissibles (IST).

Quelle est sa relation avec la fertilité féminine et son impact en assistance médicale à la procréation (AMP) ?

Étude du microbiote

Les premières études du microbiote s’appuient sur la mise en culture de bactéries après prélèvement. Cela permet d’identifier des souches qui sont viables et qui peuvent être utilisées pour la réalisation d’un antibiogramme, par exemple. Cependant, seule une infime partie des micro-organismes constituant notre microbiote peut pousser en culture, rendant cette évaluation incomplète.

L’avancée des technologies, avec les techniques de séquençage haut débit, a permis une bien meilleure caractérisation du microbiote, expliquant son essor récent comme sujet d’étude.

La métagénomique correspond à l’étude du séquençage des génomes de plusieurs organismes d’espèces différentes dans un milieu donné. Le séquençage peut être soit global[...]

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